Inaugurato nel 2002, sorge all’interno del medesimo Parco, su un unico piano. La struttura è divisa in tre padiglioni espositivi: la Terra, che conserva reperti emersi durante il periodo della dominazione romana; il Sacro, dedicato alle testimonianze dell’area sacra del Santaurio ed il Mare, che espone i ritrovamenti subacquei.
Tra i reperti più pregiati, un elmo corinzio in bronzo del V secolo, un ceppo d’ancora in pietra su cui è incisa una dedica di Phayllos, tra i più celebri atleti crotoniati, a Zeus Meilichios (dolce il miele, benevolo) e una piccola scultura in marmo raffigurante Amore e Psiche, ritrovata nelle acque antistanti la costa crotonese.