Parte del complesso monastico di Santa Chiara, le strutture originarie vengono fatte risalire alla fine del 1300, mentre l’attuale costruzione risente degli apporti del 1700 ed inizio 1800.
La chiesa, in stile barocco, è stata consacrata nel 1774. Il convento ospitava le figlie delle famiglie nobili crotonesi: ne fanno fede i molti stemmi nobiliari (Galluccio, Ventura, Sculco, Lucifero) apposti su ogni dono offerto al monastero.
La chiesa di Santa Chiara si configura come il gioiello del centro storico della città, soprattutto per il ricco patrimonio che custodisce al suo interno, tra cui un armadio che racchiude un organo a canne, costruito nel 1753 da Tommasio De Martino